公司病假扣工资存在法律风险，主要体现在两方面：一是医疗期内违法扣工资，员工可能损失数月工资且难追偿；二是证据缺失，如无病假证明或工资条，公司否认时员工举证困难，维权易失败。
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公司病假扣工资是否合法，需分情况判断：
1. **医疗期内**：员工请病假，公司不得扣工资，应依法支付不低于当地最低工资80%的病假工资或疾病救济费；
2. **超医疗期未返岗**：公司可依据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》调整工资，甚至解除劳动合同；
3. **有合规制度且员工知晓**：病假工资标准可按公司规定执行，但不得低于法定最低标准；
4. **无正规病假证明**：公司有权拒付病假工资，甚至视为旷工处理。
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公司病假扣工资的合法性有明确法律依据：
- 《劳动法》第五十条明确离职时单位需出具证明并转移档案社保；
- 《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条规定，医疗期按工龄给予3至24个月；
- 《关于贯彻执行〈劳动法〉若干问题的意见》第五十九条规定，医疗期内公司需支付不低于最低工资80%的病假工资。
因此，医疗期内公司无权随意扣减，超期后可依法调整工资标准。
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处理病假扣工资问题时，需警惕以下错误操作：
1. 使用非正规医疗机构证明，导致公司拒付工资；
2. 未保留工资条或公司政策文件，争议时举证困难；
3. 仅口头接受公司“不扣工资”承诺，无书面记录难以追责。
这些操作易使劳动者维权被动，若遇争议，可随时咨询我，我会为您提供针对性解答。

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